Hoàn thiện kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp trong các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh Hưng Yên

Improving tax inspection for enterprises operating in industrial parks in Hung Yen province

ThS. Phan Thị Diệu Hương
Thuế tỉnh Hưng Yên
ThS. Dương Đức Thắng
Học viện Tài chính
Email: duongducthang@hvtc.edu.vn

(Quanlynhanuoc.vn) – Doanh nghiệp trong các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh Hưng Yên có vai trò quan trọng đối với phát triển công nghiệp, thu hút đầu tư và tạo nguồn thu cho ngân sách nhà nước. Tuy nhiên, sự gia tăng nhanh về số lượng doanh nghiệp, đặc biệt là doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và doanh nghiệp phát sinh giao dịch liên kết, đặt ra nhiều thách thức đối với công tác kiểm tra thuế. Trên cơ sở phân tích kết quả kiểm tra thuế giai đoạn 2020–2025, nghiên cứu làm rõ những kết quả đạt được, các hạn chế trong thu thập và phân tích dữ liệu, lựa chọn đối tượng theo rủi ro, kiểm tra giao dịch liên kết, ứng dụng công nghệ thông tin và tổ chức kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Từ đó, bài viết đề xuất các giải pháp về hoàn thiện cơ sở dữ liệu, nâng cao chất lượng quản lý rủi ro, tăng cường kiểm tra doanh nghiệp FDI, nâng cao năng lực công chức và đẩy mạnh ứng dụng công nghệ nhằm hạn chế thất thu, nâng cao mức độ tuân thủ pháp luật thuế.

Từ khóa: Kiểm tra thuế; khu công nghiệp; doanh nghiệp FDI; giao dịch liên kết; quản lý rủi ro.

Abstract: Enterprises operating in industrial parks in Hung Yen Province play an important role in industrial development, investment attraction, and the generation of state budget revenue. However, the rapid growth in the number of enterprises, particularly foreign-invested enterprises and enterprises engaging in related-party transactions, has created significant challenges for tax inspection. Based on an analysis of tax inspection results for the 2020–2025 period, this study identifies the principal achievements and remaining limitations in data collection and analysis, risk-based taxpayer selection, the inspection of related-party transactions, information technology application, and on-site tax inspection. Accordingly, the paper proposes a number of solutions, including improving tax databases, strengthening risk management, enhancing the inspection of foreign-invested enterprises, developing the professional capacity of tax officials, and accelerating the application of information technology. These solutions are expected to reduce tax revenue losses, promote tax compliance, and improve the effectiveness of tax inspection for enterprises operating in industrial parks in Hung Yen Province.

Keywords: tax inspection; industrial parks; foreign-invested enterprises; related-party transactions; risk management.

1. Đặt vấn đề

Doanh nghiệp trong các khu công nghiệp chiếm vị trí quan trọng trong cơ cấu kinh tế tỉnh Hưng Yên, đóng góp tích cực vào tăng trưởng công nghiệp, giải quyết việc làm, thu hút đầu tư và mở rộng nguồn thu ngân sách nhà nước. Trong giai đoạn 2018–2025, số lượng doanh nghiệp trong các khu công nghiệp tăng nhanh, từ 308 doanh nghiệp năm 2018 lên 669 doanh nghiệp năm 2025. Các doanh nghiệp tập trung chủ yếu trong lĩnh vực công nghiệp chế biến, chế tạo và công nghiệp hỗ trợ, trong đó khu vực có vốn đầu tư nước ngoài chiếm tỷ trọng lớn.

Tuy nhiên, sự gia tăng nhanh về số lượng, quy mô và tính đa dạng trong hoạt động của doanh nghiệp cũng đặt ra nhiều thách thức đối với công tác quản lý thuế, đặc biệt là kiểm tra thuế. Hoạt động của các doanh nghiệp có thể phát sinh nhiều nội dung phức tạp như giao dịch liên kết, ưu đãi đầu tư, hoàn thuế, chuyển lỗ, xuất nhập khẩu và sử dụng hóa đơn điện tử, tiềm ẩn rủi ro kê khai chưa đầy đủ nghĩa vụ thuế. Thực tế cho thấy quy mô các khoản truy thu, xử phạt và điều chỉnh sau kiểm tra vẫn còn tương đối lớn. Trong bối cảnh ngành Thuế đẩy mạnh chuyển đổi số và quản lý thuế dựa trên rủi ro, việc nghiên cứu, đánh giá và nâng cao chất lượng kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp trong các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh Hưng Yên là cần thiết, nhằm tăng cường tuân thủ pháp luật thuế, hạn chế thất thu ngân sách và bảo đảm môi trường kinh doanh minh bạch, bình đẳng.

2. Phương pháp nghiên cứu

Bài báo sử dụng phương pháp nghiên cứu định tính kết hợp với phân tích dữ liệu thứ cấp nhằm đánh giá thực trạng kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp trong các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh Hưng Yên. Dữ liệu nghiên cứu chủ yếu được thu thập từ các báo cáo chuyên môn, số liệu thống kê của Thuế tỉnh Hưng Yên và Sở Tài chính tỉnh Hưng Yên trong giai đoạn 2020–2025.

Phương pháp thống kê mô tả và so sánh được sử dụng để phân tích sự biến động về số lượng hồ sơ được kiểm tra, kết quả xử lý sau kiểm tra, số thuế truy thu, tiền phạt, tiền chậm nộp, giảm lỗ và giảm khấu trừ thuế. Phương pháp phân tích được vận dụng nhằm làm rõ kết quả đạt được, những hạn chế và các dạng sai phạm chủ yếu của doanh nghiệp. Trên cơ sở đó, phương pháp tổng hợp và khái quát hóa được sử dụng để rút ra các nhận định và đề xuất giải pháp nâng cao chất lượng kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp trong các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh Hưng Yên.

3. Thực trạng kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp trong các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh Hưng Yên

3.1. Những kết quả đạt được

Thứ nhất, công tác kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế được triển khai tương đối đồng bộ, từng bước chuyển từ kiểm tra dàn trải sang kiểm tra theo mức độ rủi ro.

Trong giai đoạn 2020–2025, Thuế tỉnh Hưng Yên thực hiện kiểm tra khoảng 2.056 lượt hồ sơ khai thuế của doanh nghiệp trong các khu công nghiệp. Số hồ sơ được kiểm tra tăng từ 342 lượt năm 2020 lên 452 lượt năm 2022; sau đó giảm còn 298 lượt năm 2023 và 276 lượt năm 2024. Sự sụt giảm này phản ánh xu hướng chuyển từ kiểm tra dàn trải sang lựa chọn hồ sơ có trọng tâm, trọng điểm trên cơ sở phân tích rủi ro.

Năm 2025, trong bối cảnh số lượng doanh nghiệp trong các khu công nghiệp tăng nhanh, số hồ sơ kiểm tra ước đạt 320 lượt, tăng khoảng 15,9% so với năm 2024 nhưng thấp hơn tốc độ gia tăng số lượng doanh nghiệp. Điều này phù hợp với định hướng tập trung nguồn lực vào các hồ sơ có dấu hiệu rủi ro thay vì mở rộng kiểm tra một cách cơ học. Trong số hồ sơ được kiểm tra năm 2025, khoảng 303 lượt được chấp nhận, chiếm 94,69%; 17 lượt phải điều chỉnh, chiếm 5,31%, và khoảng 14 hồ sơ được đề nghị chuyển sang kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp.

Tính chung giai đoạn 2020–2025, số hồ sơ phải điều chỉnh ước đạt 96 lượt. Riêng năm 2023, số hồ sơ điều chỉnh tăng lên 57 lượt, chiếm 19,13% số hồ sơ được kiểm tra; đến năm 2024 giảm còn 8 lượt, tương ứng 2,90%. Kết quả ước tính năm 2025 cho thấy số hồ sơ điều chỉnh tăng lên 17 lượt do phạm vi người nộp thuế được quản lý mở rộng, nhưng tỷ lệ điều chỉnh vẫn được duy trì ở mức tương đối thấp.

Thứ hai, công tác kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp được thực hiện đúng kế hoạch và từng bước tập trung vào các trường hợp có rủi ro cao.

Trong giai đoạn 2020–2024, số doanh nghiệp hoàn thành kiểm tra luôn bằng số doanh nghiệp được đưa vào kế hoạch, đạt tỷ lệ 100%. Số doanh nghiệp được kiểm tra dao động từ 76 đến 91 doanh nghiệp mỗi năm, trong đó năm 2022 đạt mức cao nhất với 91 doanh nghiệp. Năm 2025, số doanh nghiệp được đưa vào kế hoạch và hoàn thành kiểm tra ước đạt 88 doanh nghiệp, tăng 10 doanh nghiệp so với năm 2024. Như vậy, tổng số doanh nghiệp được kiểm tra trong giai đoạn 2020–2025 ước đạt 499 doanh nghiệp.

Việc số lượng doanh nghiệp được kiểm tra năm 2025 tăng ở mức vừa phải, trong khi tổng số doanh nghiệp trong các khu công nghiệp tăng mạnh, cho thấy cơ quan thuế tiếp tục thực hiện kiểm tra theo hướng trọng tâm, trọng điểm. Đối tượng kiểm tra chủ yếu là các doanh nghiệp có biến động bất thường về doanh thu, chi phí, lợi nhuận; doanh nghiệp kê khai lỗ kéo dài; doanh nghiệp có số thuế được khấu trừ hoặc hoàn thuế lớn; doanh nghiệp hưởng ưu đãi thuế và doanh nghiệp phát sinh giao dịch liên kết.

Bảng 1: Kết quả kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp trong các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh Hưng Yên giai đoạn 2020 – 2025

Năm	Hồ sơ kiểm tra tại cơ quan thuế (lượt)	Hồ sơ điều chỉnh (lượt)	Doanh nghiệp được kiểm tra tại trụ sở	Giảm khấu trừ (triệu đồng)	Giảm lỗ (triệu đồng)	Truy thu, xử phạt, truy hoàn (triệu đồng)
2020	342	4	82	9.846	218.735	68.214
2021	368	5	76	7.528	162.483	54.136
2022	452	5	91	8.742	198.615	82.473
2023	298	57	84	11.386	146.372	96.528
2024	276	8	78	10.924	112.648	84.317
2025	320	17	88	12.750	118.800	96.900
Tổng cộng	2.056	96	499	61.176	957.653	482.568

Thứ ba, kết quả xử lý sau kiểm tra đã góp phần điều chỉnh nghĩa vụ thuế và hạn chế thất thu ngân sách nhà nước.

Trong giai đoạn 2020–2025, tổng số tiền giảm khấu trừ qua kiểm tra ước đạt 61.176 triệu đồng, tổng số tiền giảm lỗ đạt khoảng 957.653 triệu đồng. Năm 2025, số tiền giảm khấu trừ ước đạt 12.750 triệu đồng, tăng so với năm 2024 do số lượng doanh nghiệp và quy mô hoạt động trong các khu công nghiệp tiếp tục mở rộng. Số tiền giảm lỗ ước đạt 118.800 triệu đồng, tăng nhẹ so với năm 2024 nhưng vẫn thấp hơn đáng kể so với các năm đầu giai đoạn. Kết quả này cho thấy cơ quan thuế tiếp tục tập trung kiểm tra tính hợp lý của chi phí, việc xác định thu nhập chịu thuế và số lỗ được chuyển sang các kỳ tiếp theo.

Tổng số tiền truy thu, xử phạt và truy hoàn trong giai đoạn 2020–2025 ước đạt 482.568 triệu đồng. Riêng năm 2025, kết quả xử lý ước đạt 96.900 triệu đồng, cao hơn năm 2024 và xấp xỉ mức cao nhất của năm 2023. Toàn bộ số tiền xử lý dự kiến được doanh nghiệp nộp vào ngân sách nhà nước, tiếp tục phản ánh mức độ chấp hành tương đối tốt các quyết định sau kiểm tra. Trong các năm 2020–2024, số tiền đã nộp ngân sách tương ứng với số tiền truy thu, xử phạt và truy hoàn qua từng năm.

Nhìn chung, việc bổ sung số liệu ước tính năm 2025 cho thấy công tác kiểm tra thuế tiếp tục được thực hiện theo hướng quản lý rủi ro, tập trung vào các doanh nghiệp và nội dung có khả năng phát sinh sai phạm cao. Kết quả kiểm tra đã góp phần điều chỉnh số thuế được khấu trừ, giảm số lỗ kê khai, truy thu và xử lý các vi phạm, qua đó bảo đảm nguồn thu ngân sách và nâng cao mức độ tuân thủ pháp luật thuế của doanh nghiệp trong các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh Hưng Yên.

3.2. Một số hạn chế

Một là, chất lượng thu thập, cập nhật và phân tích thông tin về hoạt động sản xuất kinh doanh, tình hình tài chính của doanh nghiệp chưa đáp ứng đầy đủ yêu cầu kiểm tra thuế theo quản lý rủi ro.

Cơ sở dữ liệu người nộp thuế tuy đã được cải thiện nhưng vẫn còn tình trạng thông tin chưa được cập nhật kịp thời hoặc thiếu đồng bộ giữa cơ quan thuế với các cơ quan có liên quan. Việc khai thác dữ liệu chủ yếu tập trung vào hồ sơ khai thuế, báo cáo tài chính và hóa đơn điện tử, trong khi các thông tin về đầu tư, xuất nhập khẩu, giao dịch liên kết, dòng tiền và quan hệ giữa các doanh nghiệp chưa được tích hợp đầy đủ. Điều này làm hạn chế khả năng đánh giá toàn diện rủi ro và phát hiện sớm các dấu hiệu bất thường.

Hai là, hệ thống tiêu chí và chỉ số rủi ro phục vụ lựa chọn đối tượng kiểm tra chưa thực sự hoàn thiện theo đặc điểm của doanh nghiệp trong từng ngành, lĩnh vực.

Các doanh nghiệp trong khu công nghiệp có quy mô, ngành nghề, trình độ công nghệ và hình thức sở hữu đa dạng, đặc biệt có tỷ trọng lớn doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài. Tuy nhiên, việc phân loại rủi ro trong một số trường hợp vẫn dựa nhiều vào các chỉ tiêu chung, chưa khai thác sâu dữ liệu so sánh ngành và chưa nhận diện đầy đủ các rủi ro đặc thù như giao dịch liên kết, chuyển giá, ưu đãi thuế, hoàn thuế giá trị gia tăng và kê khai lỗ kéo dài. Việc năm 2023 có 57 hồ sơ phải điều chỉnh và năm 2025 vẫn còn 17 hồ sơ phải điều chỉnh cho thấy chất lượng lựa chọn, giám sát và cảnh báo rủi ro cần tiếp tục được nâng cao.

Ba là, công tác kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài và doanh nghiệp phát sinh giao dịch liên kết chưa thực sự đi vào chiều sâu.

Doanh nghiệp FDI chiếm tỷ trọng lớn trong các khu công nghiệp trên địa bàn tỉnh Hưng Yên, thường có quy mô hoạt động lớn, cơ cấu tổ chức phức tạp và phát sinh nhiều giao dịch xuyên biên giới với các bên có quan hệ liên kết. Tuy nhiên, việc kiểm tra giá giao dịch liên kết, chi phí lãi vay, phí dịch vụ nội bộ, phí bản quyền và phân bổ chi phí giữa các bên liên kết còn gặp khó khăn do thiếu thông tin so sánh độc lập và dữ liệu về hoạt động của tập đoàn ở nước ngoài. Năng lực phân tích hồ sơ giao dịch liên kết và xác định giá theo nguyên tắc giao dịch độc lập của một bộ phận công chức thuế còn hạn chế. Vì vậy, nguy cơ chuyển lợi nhuận, kê khai chi phí không phù hợp hoặc tối ưu hóa nghĩa vụ thuế tại một số doanh nghiệp chưa được nhận diện và xử lý kịp thời.

Bốn là, phạm vi và tần suất kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp còn tương đối hạn chế so với tốc độ gia tăng số lượng doanh nghiệp trong các khu công nghiệp.

Năm 2025, số doanh nghiệp được kiểm tra tại trụ sở là 88 doanh nghiệp, trong khi tổng số doanh nghiệp trong các khu công nghiệp đã tăng lên 669 doanh nghiệp. Do nguồn nhân lực kiểm tra có hạn, một số doanh nghiệp có thể chưa được kiểm tra trong nhiều năm liên tiếp. Điều này làm gia tăng nguy cơ các sai phạm về doanh thu, chi phí, hóa đơn, ưu đãi thuế và giao dịch liên kết không được phát hiện, xử lý kịp thời. Tài liệu nguồn cũng xác định số doanh nghiệp được kiểm tra còn tương đối ít so với tổng số doanh nghiệp đang hoạt động và một số nội dung kiểm tra chưa thực sự đi sâu vào trọng tâm rủi ro.

Năm là, phương thức kiểm tra vẫn chủ yếu dựa vào kiểm tra hồ sơ tại trụ sở cơ quan thuế, trong khi số hồ sơ được chuyển sang kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp còn thấp.

Năm 2025, trong tổng số 320 hồ sơ được kiểm tra tại cơ quan thuế, chỉ có 14 hồ sơ được đề nghị kiểm tra tại doanh nghiệp. Kiểm tra tại cơ quan thuế chủ yếu dựa trên việc đối chiếu tờ khai, báo cáo tài chính và dữ liệu hóa đơn nên khó làm rõ đầy đủ những giao dịch phức tạp, tính thực tế của chi phí, tình hình sử dụng tài sản, nguyên vật liệu và hoạt động sản xuất kinh doanh tại doanh nghiệp. Vì vậy, một số rủi ro chỉ có thể được phát hiện khi tiến hành kiểm tra trực tiếp tại trụ sở người nộp thuế.

Sáu là, việc ứng dụng công nghệ thông tin và năng lực phân tích dữ liệu trong kiểm tra thuế vẫn còn hạn chế.

Các hệ thống dữ liệu chưa được liên thông đầy đủ; công cụ phân tích chuyên sâu, cảnh báo tự động và phát hiện giao dịch bất thường chưa được khai thác đồng bộ. Trình độ của một bộ phận công chức thuế về phân tích dữ liệu, kiểm tra giao dịch liên kết và nhận diện các mô hình tránh thuế phức tạp chưa đáp ứng đầy đủ yêu cầu thực tiễn. Vì vậy, hoạt động lựa chọn đối tượng và xác định nội dung kiểm tra trong một số trường hợp vẫn phụ thuộc vào kinh nghiệm và nhận định của công chức thực hiện, ảnh hưởng đến tính chủ động và hiệu quả của kiểm tra thuế theo phương pháp quản lý rủi ro.

4. Giải pháp hoàn thiện kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp trong các khu công nghiệp trên địa bản tỉnh Hưng Yên

Thứ nhất, hoàn thiện cơ sở dữ liệu phục vụ kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp trong các khu công nghiệp.

Cơ sở dữ liệu đầy đủ, chính xác và được cập nhật kịp thời là điều kiện nền tảng để nâng cao chất lượng kiểm tra thuế theo phương pháp quản lý rủi ro. Thuế tỉnh Hưng Yên cần tiếp tục chuẩn hóa thông tin về doanh nghiệp theo từng khu công nghiệp, ngành nghề, quy mô vốn, loại hình sở hữu, tình trạng hoạt động và mức độ tuân thủ pháp luật thuế. Việc quản lý dữ liệu cần được thực hiện xuyên suốt từ đăng ký thuế, kê khai, nộp thuế, hoàn thuế, hóa đơn điện tử, nợ thuế đến kết quả kiểm tra và xử lý sau kiểm tra.

Bên cạnh dữ liệu nội bộ ngành Thuế, cần tăng cường kết nối, chia sẻ thông tin với cơ quan đăng ký kinh doanh, Ban Quản lý các khu công nghiệp, cơ quan Hải quan, Kho bạc Nhà nước, ngân hàng thương mại và các cơ quan chức năng khác. Các thông tin về vốn đầu tư, tiến độ thực hiện dự án, xuất nhập khẩu, lao động, dòng tiền và thay đổi tình trạng hoạt động của doanh nghiệp cần được cập nhật, đối chiếu thường xuyên. Điều này đặc biệt cần thiết trong bối cảnh thông tin người nộp thuế vẫn có trường hợp chưa được cập nhật kịp thời hoặc chưa đồng bộ giữa các cơ quan liên quan.

Thứ hai, hoàn thiện hệ thống tiêu chí phân tích và phân loại rủi ro phù hợp với đặc điểm doanh nghiệp trong các khu công nghiệp.

Thuế tỉnh Hưng Yên cần xây dựng bộ tiêu chí rủi ro riêng theo từng nhóm ngành, lĩnh vực và loại hình doanh nghiệp, thay vì chủ yếu sử dụng các chỉ tiêu chung. Các chỉ số cần tập trung vào những dấu hiệu như doanh thu tăng nhưng số thuế phải nộp giảm; tỷ suất lợi nhuận thấp hơn đáng kể mức bình quân ngành; kê khai lỗ liên tục nhưng vẫn mở rộng đầu tư; chi phí quản lý, chi phí lãi vay hoặc chi phí dịch vụ tăng bất thường; số thuế giá trị gia tăng được khấu trừ, hoàn thuế lớn; thường xuyên điều chỉnh hồ sơ khai thuế hoặc phát sinh giao dịch với doanh nghiệp có rủi ro về hóa đơn.

Trên cơ sở dữ liệu hóa đơn điện tử, báo cáo tài chính và hồ sơ khai thuế, cần ứng dụng các công cụ phân tích xu hướng, so sánh chuỗi thời gian và đối chiếu theo ngành để nhận diện sớm những biến động bất thường. Kết quả phân loại rủi ro phải được cập nhật thường xuyên, làm căn cứ lựa chọn doanh nghiệp và xác định nội dung kiểm tra có trọng tâm. Qua đó, cơ quan thuế có thể tập trung nguồn lực vào các trường hợp có khả năng vi phạm cao, hạn chế kiểm tra dàn trải và giảm ảnh hưởng không cần thiết đến hoạt động bình thường của doanh nghiệp.

Thứ ba, nâng cao chất lượng kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế.

Kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế cần được thực hiện theo quy trình thống nhất, gắn chặt với kết quả phân tích rủi ro. Công chức kiểm tra không chỉ dừng ở việc đối chiếu số liệu giữa tờ khai và báo cáo tài chính mà cần phân tích sâu mối quan hệ giữa doanh thu, chi phí, lợi nhuận, dòng tiền, hàng tồn kho, công nợ và nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Những chỉ tiêu có biến động lớn phải được so sánh qua nhiều kỳ và đối chiếu với dữ liệu hóa đơn điện tử, thông tin xuất nhập khẩu cùng mức bình quân của ngành.

Đối với các hồ sơ có dấu hiệu chưa rõ ràng, cơ quan thuế cần kịp thời yêu cầu doanh nghiệp giải trình, bổ sung tài liệu và điều chỉnh sai sót. Trường hợp doanh nghiệp không giải trình đầy đủ hoặc xuất hiện rủi ro lớn, hồ sơ phải được chuyển sang kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế. Việc chuyển hồ sơ cần dựa trên mức độ rủi ro và giá trị nghĩa vụ thuế có khả năng bị ảnh hưởng, bảo đảm lựa chọn đúng đối tượng và nâng cao hiệu quả sử dụng nguồn lực kiểm tra.

Thứ tư, nâng cao hiệu quả kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp.

Kế hoạch kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp cần được xây dựng theo hướng có trọng tâm, trọng điểm, ưu tiên các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp, ưu đãi đầu tư, hoàn thuế, chuyển lỗ và sử dụng hóa đơn. Trước khi ban hành quyết định kiểm tra, bộ phận chuyên môn cần phân tích đầy đủ hồ sơ, xác định rõ nội dung, phạm vi và thời kỳ kiểm tra, tránh kiểm tra dàn trải hoặc trùng lặp.

Trong quá trình kiểm tra, cần tăng cường đối chiếu giữa sổ kế toán, báo cáo tài chính, tờ khai thuế, hóa đơn điện tử, hợp đồng, chứng từ thanh toán và tình hình sản xuất thực tế. Đối với doanh nghiệp sản xuất, cần chú trọng kiểm tra định mức nguyên vật liệu, giá thành, hàng tồn kho, sản phẩm dở dang, tài sản cố định và các khoản chi phí phân bổ. Đối với doanh nghiệp hưởng ưu đãi thuế, phải kiểm tra điều kiện, thời gian và phạm vi thu nhập được hưởng ưu đãi, hạn chế tình trạng áp dụng ưu đãi không đúng đối tượng hoặc không đúng hoạt động.

Sau kiểm tra, Thuế tỉnh Hưng Yên cần theo dõi riêng việc thực hiện kết luận, quyết định xử lý; kịp thời đôn đốc nộp số thuế truy thu, tiền phạt và tiền chậm nộp. Đồng thời, cần đánh giá sự thay đổi về mức độ tuân thủ của doanh nghiệp sau kiểm tra để tiếp tục phân loại rủi ro và lựa chọn biện pháp quản lý phù hợp.

Thứ năm, tăng cường kiểm tra doanh nghiệp FDI và doanh nghiệp có giao dịch liên kết.

Doanh nghiệp FDI chiếm tỷ trọng lớn trong các khu công nghiệp tại Hưng Yên và thường phát sinh giao dịch với công ty mẹ, công ty liên kết hoặc các thành viên khác trong cùng tập đoàn. Các giao dịch này có thể liên quan đến mua bán nguyên vật liệu, máy móc, sản phẩm, cho vay vốn, phí dịch vụ quản lý, phí bản quyền và chuyển giao công nghệ. Đây là những nội dung phức tạp, tiềm ẩn nguy cơ điều chuyển lợi nhuận hoặc làm giảm nghĩa vụ thuế tại Việt Nam. Tài liệu nguồn cũng xác định sự gia tăng doanh nghiệp FDI có thể làm phát sinh giao dịch liên kết, chuyển giá và các hình thức tối ưu hóa nghĩa vụ thuế, gây khó khăn cho công tác quản lý.

Thuế tỉnh Hưng Yên cần xây dựng danh sách theo dõi riêng đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết, nhất là doanh nghiệp kê khai lỗ nhiều năm nhưng vẫn mở rộng quy mô sản xuất; có tỷ suất lợi nhuận thấp hơn đáng kể so với doanh nghiệp cùng ngành; phát sinh chi phí lãi vay, phí dịch vụ hoặc phí bản quyền lớn; có giao dịch mua bán với bên liên kết chiếm tỷ trọng cao. Công tác kiểm tra cần tập trung vào hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết, phương pháp xác định giá, dữ liệu so sánh độc lập và bản chất kinh tế của từng giao dịch. Đồng thời, cần tăng cường phối hợp với cơ quan thuế quản lý các doanh nghiệp cùng tập đoàn, cơ quan Hải quan và các đơn vị chuyên môn cấp trên để thu thập thông tin, đối chiếu giá hàng hóa và đánh giá chuỗi giá trị. Đối với các trường hợp phức tạp, cần thành lập đoàn kiểm tra có sự tham gia của công chức am hiểu về kế toán quốc tế, giao dịch liên kết, ngoại ngữ và phân tích tài chính.

Thứ sáu, nâng cao năng lực đội ngũ và đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin trong kiểm tra thuế.

Thuế tỉnh Hưng Yên cần thường xuyên đào tạo, bồi dưỡng công chức làm công tác kiểm tra về phân tích báo cáo tài chính, dữ liệu hóa đơn điện tử, quản lý rủi ro, giao dịch liên kết, chính sách ưu đãi và kiểm tra doanh nghiệp FDI. Việc đào tạo cần gắn với tình huống thực tiễn theo từng ngành như điện tử, cơ khí, nhựa, dệt may, sản xuất linh kiện và công nghiệp hỗ trợ. Bên cạnh năng lực chuyên môn, cần chú trọng đạo đức công vụ, trách nhiệm giải trình và kỹ năng làm việc với doanh nghiệp.

Cùng với đó, cần hoàn thiện các ứng dụng hỗ trợ kiểm tra theo hướng tích hợp dữ liệu, tự động cảnh báo rủi ro và phát hiện bất thường. Trên nền tảng dữ liệu tập trung, cơ quan thuế có thể xây dựng bảng thông tin tổng hợp cho từng doanh nghiệp, thể hiện lịch sử kê khai, nộp thuế, hoàn thuế, nợ thuế, hóa đơn và kết quả kiểm tra. Việc ứng dụng hiệu quả công nghệ thông tin sẽ giảm sự phụ thuộc vào kinh nghiệm chủ quan, nâng cao tính khách quan trong lựa chọn đối tượng và rút ngắn thời gian thực hiện kiểm tra. Đây cũng là yêu cầu cần thiết khi hệ thống công nghệ và cơ sở dữ liệu hiện nay chưa thực sự hoàn chỉnh, liên thông và năng lực phân tích dữ liệu của một bộ phận công chức còn hạn chế.

Tài liệu tham khảo:
Chính phủ (2025). Nghị định số 20/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 132/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết
Quốc hội (2019). Luật Quản lý thuế năm 2019
Quốc hội (2025). Luật Quản lý thuế năm 2025
Sở Tài chính tỉnh Hưng Yên (2026). Báo cáo thống kê tình hình doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài trên địa bàn giai đoạn 2020 – 2026
Thuế tỉnh Hưng Yên (2026). Báo cáo kết quả thu ngân sách và công tác quản lý thuế đối với doanh nghiệp trên địa bàn tỉnh (giai đoạn 2020 – 2025)